El presente estudio se centró en la aplicación y evaluación de las técnicas de conservación para 14 hongos filamentosos y 4 levaduras. Los métodos utilizados fueron congelación con glicerol al 10%, suspensión en solución salina al 0,85%, desecación en papel filtro y suelo, valorados a corto y mediano plazo, donde se evaluó su viabilidad por medio de la técnica de microgota, permitiendo observar su pureza y estabilidad morfológica. Se tomó un inóculo inicial, para continuar a realizar la hora cero y sus respetivas evaluaciones durante 6 meses (M1, M2, M3, M4, M5, M6), para determinar el mejor método al cual responden las cepas de estudio. Se realizó un diseño experimental utilizando bloques al azar, con siete repeticiones y datos estadísticos mediante software ®IBM SPSS Statistics 23 prueba Duncan y una significancia de (c0,05). Como resultado, se recuperaron el 95% de las cepas evaluadas, demostrando que los cuatro métodos de conservación implementados cumplieron los parámetros de viabilidad, pureza y estabilidad morfológica, debido a que mantienen las características iniciales de cada microorganismo; el mejor método de conservación fue suspensión en solución salina al 0,85% con una media de 4,1535 (a) y viabilidad del 61,1% (a), seguido por congelación con glicerol al 10% con una media de 4,032(a, b) y viabilidad de 58,8% (a, b). Por lo tanto, se sugiere la implementación de estos dos métodos para preservar las presentes y futuras cepas de hongos filamentos y levaduras del laboratorio.